媒体アカウントを持っているのですが、手動の運用との併用は可能でしょうか？

はい、可能でございます。

媒体アカウントを持たれている場合(Proプランの場合)、Shirofune管理画面の「入札設定」→「ON/OFF強弱設定」にてキャンペーン単位で自動入札をOFFにすることが可能ですので、OFFにしたキャンペーンに関しましては通常通り手動運用を行って頂ければと思います。